一、來源不同

蜂巢素是人工提取出蜂巢中的有效成分并精制成的，而蜂膠則是蜜蜂采集樹膠并混以腺體分泌物加工成的，但天然蜂膠(毛膠)因含有重金屬而不能直接食用，因此市場上的蜂膠大多都是經過提純后的蜂膠，因此單從來源上看蜂巢素和蜂膠就存在著本質上的區別。

二、成分不同

蜂巢素中含有脂肪酸、鞣質、甙類、氨基酸、酶類及鐵、鈣、銅、鉀等微量元素，而蜂膠的主要成分則是樹脂、蜂蠟及多種蜜蜂分泌物，尚含豐富的黃酮類化合物、氨基酸、維生素、有機酸、礦物質等成分，但值得注意的是在蜂巢素中實際上含有一定量的蜂膠。

三、功效不同

蜂巢素最主要的功效是抗菌和消炎，一般多用于輔助治療鼻炎、鼻竇炎、咽炎、肝炎及風濕性關節炎等癥，而蜂膠除了抗菌消炎之外還有增強免疫、降脂降壓、調節血糖等功效，因此特別適免疫力低下、高血壓、高血脂、高血糖及各種鼻炎、口腔炎等人群服用。

四、價格不同

蜂巢素是以蜂巢為主要原料精制成的，而蜂巢又是所有蜂產品中最為廉價的，因此蜂巢素一般在30～50元左右一瓶(500克)，蜂膠則因產量稀缺而素有“紫色黃金”之稱，原始蜂膠(毛膠)基本上都要200～300元一斤，經提純后的蜂膠售價更是高達600～800元一斤。

總結：蜂巢素和蜂膠實際上是截然不同的東西，其中蜂巢素是用蜂巢為原材料精制的，而蜂膠則是蜜蜂用采集的樹膠加工成的，因此切勿以為蜂巢素和蜂膠是一種東西。